Los procedimientos para la necropsia de reptiles son similares a los de las aves. En este caso, utilizaremos a una víbora como ejemplo demostrativo. Los demás reptiles presentan una anatomía orgánica similar, aunque los riñones de los lagartos se ubican un poco más atrás en la pelvis.

El animal se debe colocar de espaldas y se lo debe examinar en busca de traumatismos. Luego, se debe abrir el cuerpo por la línea media. En el caso de las tortugas, se debe remover el caparazón inferior, cortándolo en su unión con el caparazón superior con un serrucho. Evalúe el estado nutricional del animal, observando las reservas de grasas y el estado de las masas musculares y tome nota de la presencia de líquidos extraños o anormales. Tome muestras estériles de los pulmones, hígado y bazo para cultivo antes de manipular los demás órganos.

Ubique las glándulas tiroides por delante del corazón (recuerde que es un órgano único ubicado en la línea media en algunas especies y un órgano pareado en otras) y tome muestras para histología.

Comenzando desde la boca, extraiga la tráquea, corazón y pulmones. Abra la tráquea y examine los pulmones en busca de zonas firmes o nódulos. Abra el corazón. Tome muestras de todos los órganos para histología.

Quite el tracto intestinal completo, comenzando en la cavidad oral. Abra el esófago, estómago e intestinos en toda su extensión y tome muestras para histología.

Quite el hígado, bazo y páncreas. Evalúe su estado y tome muestras para histología.

Extraiga las gónadas y las glándulas adrenales (ubicadas en la línea media por delante de las gónadas). En las hembras, quite el oviducto y los ovarios. Diseccione los riñones de la pared corporal. Tome muestras de todos los órganos para histología.